Andrew sinh ra ở London, Anh.[2] Cha của ông là một kỹ sư xây dựng và mẹ là một y tá. Gia đình ông chuyển đến Kingston upon Hull khi ông được 18 tháng tuổi, và sau đó chuyển đến Bath, Somerset khi ông lên tám hoặc chín tuổi. Ông đã theo học tại trường nam sinh Beechen Cliff, nơi mà khi ở tuổi 14, ông đã có vai diễn đầu tiên của mình là Artful Dodger trong một tác phẩm do trường sản xuất là Oliver. Ông đã trải qua một mùa hè tại National Youth Theatre (Nhà hát Tuổi trẻ Quốc gia) ở London và bắt đầu quan tâm đến diễn xuất như một sự nghiệp. Sau khi rời ghế nhà trường, ông học tại Royal Academy of Dramatic Arts (RADA) và bắt đầu sử dụng tên "Andrew Lincoln" như nghệ danh chính thức của mình.[3]